1. Atatürk İlkeleri ve İnkılap Tarihi Araştırma ve Uygulama Merkezi

2. Atatürk Müzik Araştırmaları Merkezi

3. Arkeoloji ve Sanat Tarihi Araştırma ve Uygulama Merkezi

4. Avrupa Birliği Araştırma Uygulama ve Dokümantasyon Merkezi

5. Bilgisayar Araştırma ve Uygulama Merkezi

6. Bitki, İlaç ve Bilimsel Araştırmalar Merkezi

7. Çevre Sorunları Uygulama ve Araştırma Merkezi

8. Dil ve Konuşma Bozuklukları Eğitim, Araştırma ve Uygulama Merkezi

9. Eskişehir Ekonomik ve Sosyal Araştırmalar Merkezi

10. Halkbilim Araştırmaları Merkezi

11. Engelli Çocuklar Eğitim Araştırma ve Uygulama Merkezi

12. Karikatür Sanatını Araştırma ve Uygulama Merkezi

13. Kültürel Çalışmalar ve Çevre Eğitimi Merkezi

14. Mediko Sosyal Merkezi

15. Psikolojik Danışma ve Rehberlik Merkezi,

16. Sivil Havacılık Araştırma ve Uygulama Merkezi

17. Stratejik Araştırmalar Merkezi

18. Televizyon ile Eğitim Öğretim ve Araştırma Merkezi

19. Yabancı Diller Araştırma Merkezi

20. Yaşamboyu Öğrenim Uygulama ve Araştırma Merkezi

21. Yaygın Eğitim Uygulama ve Araştırma Merkezi

22. Yurtdışında Yaşayan Türk Vatandaşlarının Sorunlarını Araştırma Merkezi

23. Akademik Gelişim Birimi

24. Bilgisayar Destekli Eğitim Birimi

25. Deney Hayvanları Araştırma ve Uygulama Birimi

26. Girişimcilik Eğitim ve Araştırma Birimi

27. İleri Teknolojiler Araştırma Birimi

28. İstatistiki Bilgiler Birimi

29. Kurumsal İmaj Yönetimi ve Geliştirme Birimi

30. Özürlü Öğrenciler Birimi

31. Proje Birimi

32. Sinema Kültürünü Geliştirme Birimi

33. Test Araştırma Birimi

34. Türk Mutfağı Araştırma ve Uygulama Birimi

35. Uluslararası İlişkiler Birimi